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研究者发布简单技巧提高技术精度,帮助理解外部变量-如温度-如何影响植物基因活动
北卡罗来纳州立大学分子和结构化学副教授Colleen Doherty表示,第一,我们提高问题可见度 植物研究圈中许多人不熟悉 并突出解决方案第二,我们已经证明 解决这个问题会大大改变我们对植物基因活动的理解
RNA-seq分析技术问题,用于测量基因活动变化-即当基因主动转换产生蛋白质时-
Doherty表示:「我们用RNA-Seq分析评估植物对各种刺激或环境变化的反应使用广度 因为它比较容易廉价 监听植物响应
研究者可用RNA-Seq分析观察植物发生干旱时开机基因,然后通知开发抗旱新植物
与RNASeq分析有关的具体挑战 Doherty及其合作者偶然遇上
Doherty表示:「我们监测植物多时对不同温度的反应,一开始我们认为我们可能做错事当我们开始研究它时, 我们学会动物和酵母已知全局变化
换句话说,研究者想了解具体变量-如温度提高-如何影响特定基因转录但也有一些变量-如时空-可增减转录入全部基因学这会丢弃研究者对想学习的具体变量下结论的能力
幸运的是,我们发现这个问题在研究非植物物种的研究人员中已经充分确定,他们开发出一种方法来说明问题,称为人工插件,Doherty说 。并使用老式技巧与技术但由于各种原因,当我们采行RNASeq分析时,我们的字段没有将人工插件输入方法学中。”
人工插件使用外国RNA片段,这些片段不同于植物基因组中的任何片段,这意味着外国RNA不会与植物本身生产的任何内容相混淆。研究人员将外国RNA引入实验起始分析过程由于全局转录不会影响外国RNA,它可用作固定基准供研究人员判定RNA总体增减程度
Doherty表示:「当我们使用人工插件计算全局转录变化时,
人工插件给我们更多准确信息并深入了解植物夜间行为 — — 因为我们发现全球夜间转录较高使用人工插件前, 我们缺了很多夜间发生的事情
Doherty表示:「人工插件优雅解决我们植物研究圈内许多人并不知道令植物物种全局解析的 各种条件中 提高转录分析精度转而帮助研究社区 获取新知识 了解我们研究的物种
我们没有开发出这个解决方案-人工插件-但我们真希望它在植物科学中得到更广泛的使用
报社规范法控制全RNA丰度会影响辨识差分表达基因,显示偏向上午表达响应公开存取植物杂志.第一作者Kanjana Laosuntisuk,NCState博士后研究者论文由特拉华州立大学Amaranatha Vennapusa共同编写得克萨斯技术大学ImpaSomayandaAdam Leman好食品学院sVKrishnajadish得克萨斯技术大学和堪萨斯州立大学
工作得到了国防高级研究项目局的支持D19AP00026国家科学基金会2210293开发推广科技人才项目,泰国
机手-
编辑器注解 :学习文摘附后
规范法控制全RNA丰度会影响识别差分表达基因,显示偏向上午表达响应
作者类Kanjana Laosuntisuk和Colleen J.Doherty北卡罗来纳州立大学特拉华州立大学ImaM索马扬达得克萨斯技术大学亚当RLeman好食品学院SVKrishnajadish,得克萨斯技术大学和堪萨斯州立大学
发布简30植物杂志
多尔市101111/tpj16654
抽象性 :RNA序列被广泛用于调查植物转录层基因表达式变化多数植物RNA-Seq分析管道基础规范方法假设总笔试水平不因样本而异然而,这一假设没有得到证明。事实上,许多常见实验处理和遗传变换会影响转录效率或RNA稳定性,导致分录丰度不均匀添加合成RNA控件简单校正控制全mRNA水平变异适当加插对复杂植物组织具有挑战性,认真考虑加插对成功使用至关紧要显示外部RNA插件规范化控制产生RNA-Seq分析与传统规范方法的差别,甚至在未经处理工厂每天两次之间产生差别。RNA++3RNA-Seq并提交正常化管道说明总抄数差异常态方法对识别差分表达基因效果的评估 即识别时间对基因表达效果 和对高梁冷压响应
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