数据库跟踪药物的有毒副作用
有时，治疗可能比疾病更糟糕。药物以其潜在的副作用而闻名，个性化医学的一个重要方面是根据个人定制疗法，以减少不良事件的机会。现在，来自北卡罗来纳州立大学的研究人员已经更新了一个广泛的毒理学数据库，以便它可以用于跟踪有关治疗药物的信息及其无意的毒性效果。
“环境科学其实股与制药商一个共同的目标：提高化学毒性的预测，”艾伦博士彼得·戴维斯，在工作论文的第一作者和的的biocuration项目经理说：比较毒理基因组学数据库（CTD）在NC州生物科学系。
科学文献包含有关治疗药物不良反应大量信息。但是，收集，整理和制作所发布信息的意识是一项艰巨的任务。北卡罗来纳州的CTD团队，这在历史上集中在环境化学，读取和编码超过了88,000篇科学论文进行这方面的努力。
它采取了CTD队一年约的治疗药物及其有毒端点参与，如高血压，癫痫，肾功能衰竭和肝脏疾病的88000篇有效地提取信息。“该项目迅速增加了很多，补充环境毒性的新数据，”戴维斯说。
结果包括从七个十年的价值的科学文章收集超过25万点的语句。将数据放入的CTD框架有助于研究人员开发和有关药物如何可能会引起不良反应的测试假设。
“以结构化格式编码信息是关键，”坚持戴维斯。“这允许它与其他数据相结合以进行新的预测。”例如，药物Bortezomib用于治疗某些类型的癌症，但它也会导致某些患者的意外神经损伤。通过链接数据，CTD能够连接点并找到可以是连接药物的关键的基因和神经损伤的可能性。
“调查人员现在可以测试和验证哪些基因对药物引起的事件至关重要，”戴维斯解释道。“这可能在基因检测患者中可用于量身定制正确的药物，或者它可以通过警告安全研究人员来帮助设计未来的治疗方法，以避免这些途径和潜在的毒性结果。”
该CTD组还设计了一个新的表型模块。在这种情况下，表型是毒性或全面爆发的疾病在临床水平被认为是前一个单元或者系统发生的事件。药物可影响的表型和疾病。独立地从文献中编码药物疾病和药物 - 表型的相互作用，然后将它们存储在同一数据库中允许系统连接某些表型的疾病，根据其共享药物。这些连接可以让科学家决心，并最终防止，化学物质是如何 - 从环境还是从药柜 - 引起毒性反应。
本文，“CTD-PFizer协作：手工策划为88,000个科学文章，用于毒品疾病和药物表型相互作用”在杂志上在线发表数据库。共同作者包括NC州软件工程师托马斯·威克斯;NC状态生物仪DRS。吉恩躺，Kelley Lennon-Hopkins和Daniela Sciaky;Carolyn Mattingly博士，NC州生物科学副教授;博士。Phoebe Roberts，Nigel Greene，Robert Hernandez，Kevin McConnell，以及辉瑞的Ahmed Enayallah;和博士。Robin Johnson和Heather Keating，以及来自苏堡岛生物实验室的本杰明国王。这项工作得到了辉瑞公司和国家环境卫生研究所的支持。
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编辑注：研究摘要跟随。
“A CTD-辉瑞合作：开采药物和疾病的相互作用drugphenotype科学88000篇文本的人工管理”
作者：艾伦·彼得·戴维斯，托马斯C. Wiegers，让M.莱，凯利侬 - 霍普金斯，丹妮拉西亚基和卡罗琳·马丁利J.，北卡罗莱纳州立大学;楠木M.罗伯茨，佰格林，罗伯特埃尔南德斯，凯文J.麦康奈尔，和Ahmed E. Enayetallah，辉瑞公司;罗宾·约翰逊，希瑟·基廷和本杰明L.王，沙漠山岛生物实验室
发表：2013年11月29日，数据库
迪伊：10.1093 /数据库/ bat080
摘要：改善化学毒性的预测是环境健康研究和药物发育的目标。为了改善安全检测测定，具有用于培训和验证目的的具有明确定义的毒性注释的参考分子是至关重要的。在这里，我们描述了辉瑞公司和研究团队的安全研究人员之间的合作，对比较有毒的毒素数据库（CTD）进行了文本矿山，并手动审查了88,629篇文章的集合，将超过1,200种药物有超过1,200种药物潜在参与心血管，神经系统，肾脏，和肝毒性。在一年内，CTD生物灭官器含有254,173个毒物学相互作用（152,173化学疾病，58,572个化学基因，5,345个基因疾病和38,083个表型相互作用）。所有化学基因疾病相互作用完全与公共CTD完全集成，并且可以下载表型相互作用。我们描述了PFizer的文本挖掘过程，以整理文章，以及CTD的策策，性能指标，增强数据内容和新模块来策划表型信息。同样，我们展示了数据集成如何将表型连接到疾病。可以利用该策策，以便有关药物安全性重要的有关毒性终点的信息，并有助于为毒性疾病事件开发可测试假设。这些详细，上下文化，高质量注释的可用性从七十年的科学文献中的价值策划应该有助于促进药物复合存活的新机制筛查测定。 This unique partnership demonstrates the importance of resource sharing and collaboration between public and private entities and underscores the complementary needs of the environmental health science and pharmaceutical communities.
