研究人员可以使用真菌DNA追踪灰尘样品
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来自北卡罗来纳州立大学和科罗拉多大学的研究人员已经开发出一种统计模型，使他们能够讲述尘埃样本来自美国大陆在美国的美国大陆内发现的真菌。
该研究的主要目标是为执法或考古学家制定新的法医生物工具。“但它也可能让我们更加了解我们所知道的微生物生活中的隐形生态系统，而我们不完全理解，”Neal Grantham说，博士学位说统计学生在NC州和领导作者关于工作的论文。
研究人员使用来自的数据开发了模型我们家的野生生活公民科学项目由您的野生生活实验室基于NC状态进行。该项目从大陆美国的大约1,000个家庭收集了灰尘样本，包括来自48个连续状态的47个的样本。
该项目的目标是测试DNA的粉尘样本，以鉴定家庭内部和周围存在的微生物物种。该项目发现的一件事是真菌或真菌分类群的类型 - 从地区到地区广泛变化。
“基于该发现，我们想确定您是否可以预测基于样本中存在的真菌的灰尘样本，以及大多数时间 - 我们可以，”格兰特汉表示。
研究人员开发了一种模型，分析了粉尘样品中存在的真菌征集，并预测样本来自的地方。大约5％的时间，模型的预测是正确的抽样网站的35英里范围内。那些是最准确的预测。最严重的5％是至少645英里的。该模型的中位预测误差为143英里。但是，通过开发更先进的算法，研究团队已经努力使模型更准确。
“到目前为止，我们所做的工作是确定这一概念是否可行，”格兰德姆说。“现在我们知道它是可行的，我们正在开发更适合这个问题的统计方法。
“最终，我们希望在线执法的在线工具，从一件服装，身体或车辆中获取的灰尘样本的结果，并获取有关衣服，身体或车辆的信息，”格兰德姆说。
本文，“真菌识别尘埃样品的地理起源，“在线在线发布普罗斯一体2015年4月13日。本文是由Brian Reich，Krishna Pacifici，Eric Laber，Holly Menninger和NC状态抢劫的合作;由杰西卡·亨利，阿尔伯特巴贝拉，乔纳森·莱夫和诺亚·博尔德·博尔德这项工作得到了斯隆基金会的支持。
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编辑注：研究摘要跟随。
“真菌识别尘埃样品的地理起源”
作者：Neal Grantham，Brian Reich，Krishna Pacifici，Eric Laber，Holly Menninger和Rob Dunn，北卡罗来纳州立大学;Jessica Henley，AlbertBarberán，Jonathan Leff和Noah Fierer，科罗拉多大学，博尔德
发表：4月13日，普罗斯一体
迪伊：10.1371 / journal.pone.0122605
抽象的：考古学家和法医学的历史悠久，使用粉尘样品中发现的花粉识别其地理来源或历史。这种椎相论方法具有重要的局限性，因为它们需要耗时的花粉粒度，先验的植物物种分布知识以及足够多样性的花粉类型，以允许空间或时间识别。我们证明了一种基于灰尘样品中发现的真菌多样性的DNA测序分析的替代方法。使用从美国大陆美国的近1,000种粉尘样品，我们的分析来自这些样品的40,000个真菌分类群，其中许多是高度的地理谋取性。我们通过判别分析开发统计学习算法，该判别分析利用真菌多样性的这种地理流动性，以正确地识别样本到几千公里的地理来源中，具有很高的概率。此外，我们的统计方法为每个预测提供了确定性的衡量标准，与当前的腭学方法相比，几乎总是基于专家意见和缺乏统计推断。因此，在灰尘样品中发现的真菌分类群可以用于识别这种灰尘的起源，更重要的是，我们可以量化我们源自特定地点的样本的确定性程度。这项工作开辟了一种新的法医生物方法，可以由科学家识别物体，衣服或考古文物上发现的灰尘或土壤样本的起源。
