Sid Thakur是人口健康和病理生物学教授，也是北卡罗来纳州立大学和兽医学院全球健康项目的主任。他研究抗生素耐药性沙门氏菌以及抗生素耐药性沙门氏菌影响食用动物和人类种群。在他最新的作品中他库尔比较了200多个不同菌株的基因组沙门氏菌，寻找不同菌株之间的基因相似性。他向《摘要》介绍了这项工作可以告诉我们什么，以及它如何帮助我们和我们的食品供应安全。
文摘(助教)在这篇论文中，你比较了200个不同的基因组沙门氏菌菌株取自人类、猪、鸡和农场环境。有更多的种类吗沙门氏菌呢?
Thakur:沙门氏菌有超过2500种不同的血清型在疫情爆发期间我们通常会遇到的常见问题包括伤寒，海德堡，肠炎，新港，4[5]) 12:我: - - -慕尼黑，等等。这2500多种血清型中的许多都与宿主相关，这意味着它们主要出现在一个宿主中，例如，肠炎通常在鸡蛋中发现。许多其他存在于多个主机-沙门氏菌感染发生在人类、动物和环境中。
助教:你为什么选择你选择的品种?
Thakur:主要原因是这些菌株是从包括人类、动物和环境在内的多个来源分离出来的。这些毒株导致了最近的人类疫情，我们想确定这些毒株是否沙门氏菌来自多个来源的血清型具有相似或不同的特征。最后，许多这些菌株对多种抗菌素都有耐药性，比较它们的基因组特征很重要，这样我们就可以了解是什么使它们具有耐药性。
助教:什么可以比较不同的DNA沙门氏菌菌株告诉了我们什么?
Thakur:基因组比较可以揭示许多其他分子基础方法如PCR所缺乏的信息。我们可以识别出相似或不同的基因组区域。我们可以深入了解多个基因组的耐药性和毒性概况，并了解菌株在不同选择压力下是如何进化的。基因组比较可以帮助我们了解不同毒株是否在交换基因组物质，识别新出现的致病毒株，并在全球范围内进行比较。
助教:不同的沙门氏菌菌株可以交换基因。他们为什么要这么做?有办法预防吗?
Thakur:病原体不断进化，试图对抗它们遇到的有害环境。达尔文的“适者生存”原则在这里是正确的。如果病原体不进化，它们就无法生存。沙门氏菌是一个很好的例子，这种病原体的特定血清型在基因组水平上更多样化。一个很好的例子是鼠伤寒沙门氏菌,这是一种不同的血清型，因此有能力在多个宿主中生存。基因组的灵活性允许病原体改变其DNA，在许多情况下，还可以与其他病原体交换基因。因此,沙门氏菌感染是许多人通过不同宿主(包括食品和环境)接触到它的原因。基因和基因组物质的交换是一个连续的过程，很难控制或预防。这就是为什么这个领域如此具有挑战性和令人兴奋的同时工作。
助教:这项工作最有趣的结果是什么?有什么惊喜吗?
Thakur:我们发现了不同沙门氏菌多个宿主之间的血清型，可能表明人畜共患病传播，即感染从动物传播到人。我们还比较了提高分辨率的不同方法沙门氏菌我们利用基因组数据建立的系统进化树。我们发现相同的耐药基因、质粒类型和毒力基因分布在多个宿主中，宿主的数量和转换的程度令人惊讶和感兴趣。
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