化学地图让研究人员在化学宇宙中导航

立即释放

特雷西·皮克 特雷西_peake@ncsu.eu 919-515-6142

北卡罗来纳州立大学的研究人员创造了一种新的在线服务——CyMMAP，允许用户在3D和实时交互导航超过8000种药物和47000种环境化合物的化学空间。化学地图是为学生和研究人员设计的一个中心资源，他们希望轻松地可视化和研究复杂的化学结构。免费使用网站的第一个版本在www.chemmaps.com.

“化学地图的前提是使其成为谷歌的药物地图，”北卡罗来纳州化学助理教授丹尼斯·福奇说它允许任何使用电脑或平板电脑的人在3D环境中轻松浏览和导航上市药物的化学空间。我们真的想让化学图中的图形界面与学生或药物化学专家相关。”

有了化学地图，这些化学物质看起来像星星——分散在屏幕上的光点。在复杂的化学空间中，每颗恒星或化合物的位置都是基于它们的结构特性。当用户点击一个特定的化合物星号时，会显示该化学物质的几个关键特征：系统名称、品牌名称、化学结构、医疗适应症、外部标识符和其他物理化学性质。

目前，有两个主要的地图可用。DrugMap包括大约8000种药物（已上市、正在开发和已退出），是从DrugBank数据库编制的。环境地图，或EnvMap，包括超过47000种化合物（如杀虫剂或阻燃剂），与美国国家环境卫生研究所（NIEHS）和美国环境保护署（EPA）有关，由Tox21、Toxcast和其他NIEHS数据库编制。

研究人员计划随着时间的推移增加一些功能，包括让合作者和公司能够在化学地图上可视化和投影专有的化学品。他们还计划使地图更具交互性，更易于操作，并与增强和虚拟现实设备兼容。

“这是公共领域的第一个工具，允许任何人，特别是非化学信息专家，在一个地方轻松、直观、快速地访问所有这些复杂的化学信息，”福奇说这个工具可以帮助研究人员更好地了解特定化合物的化学邻域。事实上，这对于药物再利用或化学风险评估至关重要。”

这项研究发表在生物信息学. Alex Borrel博士，前NC州立博士后研究员，目前在NIEHS和论文的第一作者，创建了这个程序。福奇构思了化学地图，是通讯作者。NIEHS的计算生物学家Nicole Kleinstreuer博士也对这项工作做出了贡献。

-皮克-

编辑须知：论文摘要如下

“探索毒品空间“化学地图网”

内政部：10.1093/生物信息学/bty412

作者Alexandre Borrel、Denis Fourches、北卡罗来纳州立大学；Alexandre Borrel和Nicole Kleinstreuer，国家环境健康科学研究所
出版：在线生物信息学

摘要:
由于诸如DrugBank、ChEMBL或Tox21等可公开访问的数据库的规模和多样性不断增加，轻松导航化学空间变得越来越重要。要做到这一点，建模者通常依赖复杂的投影技术，使用分子描述符计算出所有要可视化的化学物质。然而，制备、表征、计算和探索这些分子所需的多个化学信息学步骤是技术性的，通常需要脚本技巧，因此对非专家来说是一个真正的障碍。我们开发了化学地图.com网站服务器，以方便浏览，导航，并挖掘化学空间。第一版化学地图.com有超过8000种被批准的、正在开发的和被拒绝的药物，以及超过47000种环境化学物质。网站服务器可在www.chemmaps.com